Il Castello Bufalini di San Giustino nasce come fortezza militare fra il 1481 ed il 1500 sopra i resti di un fortilizio medievale per difendere il territorio di Città di Castello nello Stato Pontificio al confine con la Repubblica fiorentina ed il Ducato dei Montefeltro. E’ Niccolò di Manno Bufalini di Città di Castello, famoso giurista  presso la Corte  pontificia e familiare del Papa, che diventa nel 1487 proprietario del fortilizio di San Giustino, a finanziare l’opera della sua ricostruzione con l’impiego di “mastri lombardi” secondo il progetto dell’architetto romano Mariano Savelli e le indicazioni di Giovanni e di Camillo Vitelli, uomini d’arme ed esperti in architettura militare. La nuova ed ampia fortezza di frontiera, degli ultimi due decenni del ‘400, è un esempio di architettura militare del periodo di “transito” in cui convivono elementi della difesa piombante del periodo medievale (coronamento a beccatelli e piombatoi) con altri della moderna difesa radente, introdotti nella tecnica militare con l’uso della polvere da sparo.

A partire dagli anni trenta del ‘500 l’abate Ventura ed il fratello Giulio Bufalini trasformano la fortezza di San Giustino in un fortificato palazzo signorile con ampie logge di gusto tardo rinascimentale e varie stanze distribuite intorno ad un cortile interno con due lati porticati. L’opera, su progetto dell’architetto fiorentino Giovanni di Alesso detto Nanni Unghero o Ongaro (Firenze 1490 ca. 1546) della cerchia dei San Gallo, viene realizzata dai “mastri” lombardi di Città di Castello e di Citerna e da esperti  scalpellini di Sansepolcro e di Città di Castello, che lavorano la pietra arenaria proveniente dalle cave dell’Appennino.  Le volte di alcune stanze vengono dipinte da Cristofano Gherardi (Sansepolcro 1508-1556), braccio destro di Giorgio Vasari, con raffinata eleganza e maestria  mentre le pareti sono ricoperte da corami dipinti e dorati. Già nel sec. XVI è documentata la presenza di un orto giardino.

Nei secoli successivi l’edificio viene usato dai Bufalini come deliziosa villa di campagna con ampio  giardino “all’italiana”, irrigato tramite un condotto sotterraneo dalle acque del fiume Vertola. Nel giardino erano  presenti le maggiori varietà di frutta, agrumi con limonaia, la ragnaia, fiori rari, erbe officinali, ortaggi ed un  labirinto impiantato nel 1692, tutt’ora esistente.

All’interno dell’edificio  sono conservati oltre ai preziosi cicli pittorici e decorativi, una consistente raccolta di opere d’arte, una raccolta archeologica, arredi mobili di pertinenza, tessuti storici, vari oggetti di ornamento, ceramiche, cristalli ecc…, che testimoniano la vita vissuta e gli interessi culturali dei Bufalini, con personaggi che si sono affermati in ambito militare, ecclesiastico, letterario e giuridico al servizio dello Stato Pontificio, dei Medici, degli Estensi, dei Colonna, dei Farnese e perfino dei reali d’Inghilterra, di Spagna e soprattutto di Francia grazie anche alla parentela con il cardinale Giulio Mazzarino, figlio di Ortensia Bufalini.

La missione del complesso di Castello Bufalini come museo di se stesso è quella di essere  un luogo di eccellenza per l’approccio al passato locale e nazionale sotto vari aspetti: storici, artistici ed etnoantropologici.